Vers 530 av. J.-C., Pythagore fonda une école de philosophie à Crotone, en Italie méridionale, plus religieuse et mystique que l'école ionienne, synthèse de l'antique perception mythologique du monde et de l'intérêt grandissant pour l'explication scientifique. Le système philosophique, connu sous le nom de pythagorisme , intégra des croyances éthiques et mathématiques à une vision spiritualiste de la vie. Les pythagoriciens enseignaient et pratiquaient un mode de vie fondé sur la conviction que l'âme est prisonnière du corps, qu'elle est délivrée de celui-ci après la mort et réincarnée dans une nouvelle forme de vie, supérieure ou inférieure selon le degré de vertu auquel elle est parvenue. La fin suprême de l'homme serait de purifier son âme en cultivant les vertus intellectuelles, en s'abstenant des plaisirs sensuels et en accomplissant divers rites religieux.
Pour Pythagore, «tout est nombre»: l'origine de toutes choses n'est pas à chercher dans un élément matériel comme l'eau, l'air ou le feu, mais dans l'Un, source des nombres. La philosophie pythagoricienne peut être définie comme une tentative de ramener toutes les apparences du monde physique à une harmonie secrète, exprimable par des rapports simples entre nombres, seules vraies réalités auxquelles on doit vouer un culte presque mystique. Cette harmonie est perceptible dans la théorie musicale, véritable introduction à la compréhension de l'équilibre de la vie (et de la médecine) et à l'ordre du monde lui-même (cosmos).
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