De retour au Japon, il s'installa de nouveau à Kyôtô au Kennin-ji et rédigea en décembre 1227, ses "Conseils à tous pour le Zazen" (Fukan Zazen Gi, en japonais).
En 1230, il quitta le Kennin-ji pour s'installer dans le monastère Annyô-in à Fukakusa (quartier de Fushimi-ku de l'actuel Kyôtô) à environ six kilomètres au sud du Kennin-ji, tant en raison de la déchéance et la dégénérescence des moines de ce temple, que pour fuir les pressions exercées par les moines Tendai et Rinzai. Dans le Tenzo Kyokun ("Instructions au cuisinier zen"), il raconte par exemple, que le moine responsable de la cuisine ne veillait pas personnellement à la préparation des deux repas quotidiens ou aux approvisionnements et que durant tout le séjour de Dôgen, il n'avait jamais approché une casserole.
Dans cette retraite, il commença en 1231, la rédaction de son oeuvre principale le "Trésor de la Vraie Loi" (Shôbôgenzô; en japonais) dans lequel il affirme que l'expérience personnelle authentique est préférable à la stricte observance d'une doctrine. Ainsi, il montre que le Zazen (pratique) et Eveil ne font qu'un :
"L'Eveil vient de la pratique,
Ainsi l'Eveil est sans limite;
La pratique vient de l'Eveil,
Ainsi la pratique n'a pas de commencement."
Dôgen place son enseignement dans la pure transmission du Zen chinois sans adjonction de pratiques ésotériques du Tendai comme Eisai Et Myôzen l'avaient fait au Kennin-ji. Il rejette aussi toute discrimination dans le Zen entre homme et femme, moine et laïc, noble et roturier. Pour lui Zazen vaut toutes les prosternations, incantations, lectures des sûtras ou litanies bouddhiques telles que le nenbutsu des sectes Jôdo .
"Invoquer le Bouddha Amida en se contentant d'ouvrir la bouche, c'est faire comme les grenouilles dans les champs qui coassent jour et nuit".
En 1233, pour répondre au nombre toujours croissant de ses adeptes moines et laïcs, Dôgen fit agrandir le monastère du Kannon Dôri-in, dans le quartier de Fukakusa, le renommant Kôshô-Horinji. Ainsi installé, il y passa dix ans, poursuivant la rédaction du shôbôgenzô ("Trésor de la Vraie Loi").
En 1234 il prit comme disciple Koun Ejô (1198-1280) qui devint plus tard son successeur et biographe. En 1235 Ejô est formellement désigné comme l'héritier et successeur de Dôgen à la tête de l'assemblée des croyants.
Il sollicita des fonds pour construire sur le modèle chinois le premier Sôdô (salle des moines) du Japon, utilisé traditionnellement comme lieu de méditation et de repos dans un monastère Zen.
En 1242, il désigna son deuxième successeur Gi'in.
1 -[Dogen]
2 -[Dogen : Séjour au Mont TienToung (1225-1227)]
3 -[Dogen : Retour et séjour à Kyôtô (1227-1243)]
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